metode, ki temeljijo na zajemanju konformacije kromosoma (3C) razkrivajo organizacijo kromosomov znotraj jedra z določitvijo fizične bližine parov točk vzdolž kromatina. Ohranjajo kromatinske interakcije z navzkrižnim povezovanjem, ki mu sledi fragmentacija, ligacija in zaporedje medsebojno delujočih regij.
Kako deluje zajem kromosomske konformacije?
Ujemanje konformacije kromosoma na čip (4C) zajame interakcije med enim lokusom in vsemi drugimi genomskimi lokusi. Vključuje drugi korak ligacije, da se ustvarijo samokrožni fragmenti DNK, ki se uporabljajo za izvedbo inverzne PCR. … Na enem samem mikromrežu je mogoče analizirati približno milijon interakcij.
Kaj je zajemanje konformacije kromatina?
Chromatin Conformation Capture (3C) je pomembna tehnika, ki se uporablja za preučevanje strukture kromatina, kot tudi osnova za več drugih izpeljanih tehnik. … Protokol vključuje formaldehidno navzkrižno povezovanje celic, čemur sledi izolacija kromatina in prebava z restrikcijskim encimom.
Kako deluje Hi-C sekvenciranje?
Pristop Hi-C razširja 3C-Seq za preslikavo kromatinskih stikov po celotnem genomu, uporabljali pa so ga tudi za preučevanje interakcij kromatina in situ. Pri tej metodi so kompleksi DNA-protein zamreženi s formaldehidom. Vzorec je razdrobljen, DNK pa se ekstrahira, ligira in prebavi z restrikcijskimi encimi.
Kaj je tehnika Hi-C?
Klasična Hi-C tehnika vključuje restrikciono razgradnjo formaldehidno zamreženega genoma z restrikcijskimi encimi, specifičnimi za zaporedje,, čemur sledi polnjenje in popravilo prebavljenih koncev z vključitvijo nukleotidi, vezani na biotin. Popravljeni konci se nato ponovno zavežejo.
