Artefakt osnovnega dimera se običajno pojavi pri velikem številu cikla praga (običajno > 35 ciklov), ki je višja od števila pragov cikla za želeni amplikon. Dimeri temeljnih elementov se izrazito povečajo, ko dodamo heterologno genomsko DNK.
Kje bi videli dimerje temeljnih premazov na DNK gelu?
Pri nekvantitativnem PCR končne točke se bo dimer začetnika pojavil kot bolj ali manj šibek razmaz na agaroznem gelu, pod pasom produkta, ki nas zanima.
Kako nastanejo osnovni dimeri?
Primerni dimeri tvorijo ko se dva primerja vežeta drug na drugega, namesto na DNK predloge, zaradi področij komplementarnosti primerja.
Kako odkrijete dimerje temeljnih elementov?
Najlažji način za preverjanje dimer-dimerov je, da primerjate svoje reakcije na vašo negativno kontrolo (voda namesto DNK ali RNA). V negativni kontroli se bodo še vedno tvorili osnovni dimeri. Nekateri kompleti temeljnih premazov bodo bolj verjetno tvorili dimerje kot drugi.
Zakaj se pojavijo dimerji temeljnih premazov?
Večinoma opazimo dimerje primerja zaradi visoke koncentracije primerja v reakcijski mešanici PCR. Ali če ni amplifikacije PCR in lahko vidite dimer primera v agaroznem gelu. Če lahko vidite izdelek PCR, lahko zmanjšate koncentracijo prve in ohranite ostale pogoje enake.