Homološke modele lahko uporabite tudi za prepoznavanje subtilnih razlik med sorodnimi beljakovinami, ki niso strukturno rešene vseh . Metoda je bila na primer uporabljena za identifikacijo kationskih veznih mest na Na+/K+ ATPaze in za predlaganje hipotez o afiniteti vezave različnih ATPaz.
Za kaj se uporabljajo homološki modeli?
Homološko modeliranje je ena od metod za napovedovanje računalniške strukture, ki se uporablja za določanje 3D strukture beljakovin iz njegovega zaporedja aminokislin. Šteje se, da je najbolj natančna metoda napovedovanja računske strukture. Sestavljen je iz več korakov, ki so enostavni in enostavni za uporabo.
Kaj je homološko modeliranje in zakaj je potrebno?
Homološko modeliranje pridobi tridimenzionalno strukturo ciljnega proteina, ki temelji na podobnosti med predlogo in ciljnimi sekvencami in ta tehnika se izkaže za učinkovito, ko gre za preučevanje membranskih beljakovin, ki težko kristalizirati kot GPCR, saj zagotavlja višjo stopnjo razumevanja …
Kako narediš homološki model?
v modeliranje homologije je vključenih več korakov
- izbira predloge z vašim ciljnim zaporedjem. V ta namen lahko izvedete BLASTp iskanje po vseh razpoložljivih proteinskih strukturah (PDB). …
- Poravnava predloge in ciljnega zaporedja. …
- Kakovost vašega modela. …
- Prefinjenostvašega modela.
Kaj naredi dobro homološko modeliranje?
Če definiramo "zelo uspešen homološki model" kot model, ki ima <=2 Å rmsd iz empirične strukture, potem mora predloga imeti >=60% istovetnost zaporedja s ciljem za uspeh stopnja >70%. Tudi pri visokih identitetah zaporedja (60% -95%) ima kar eden od desetih homoloških modelov rmsd >5 Å v primerjavi s
