Agarozni geli se uporabljajo z DNK zaradi večje velikosti biomolekul (fragmenti DNK so pogosto na tisoče kDa). Za beljakovinske gele daje poliakrilamid dobro ločljivost, saj je veliko manjša velikost (tipično 50 kDa) bolj primerna za tesnejše medmolekularne vrzeli gela.
Kakšna je razlika med elektroforezo v agaroznem gelu in elektroforezo v poliakrilamidnem gelu?
Glavna razlika med agarozo in poliakrilamidom je v tem, da se agaroza uporablja pri elektroforezi v agaroznem gelu (AGE) predvsem za ločevanje DNK, medtem ko se poliakrilamid uporablja v poliakrilamidnem gelu elektroforeza (PAGE) predvsem za ločevanje beljakovin.
Zakaj so poliakrilamidni geli boljši od agaroznega gela?
Poliakrilamidni geli imajo naslednje tri glavne prednosti pred agaroznimi geli: (1) Njihova ločljivost je tako velika, da lahko ločijo molekule DNK, katerih dolžine se razlikujejo za samo 0,1 % (tj. 1 bp na 1000 bp). (2) Lahko sprejmejo veliko večje količine DNK kot agarozni geli.
Zakaj se pri karakterizaciji beljakovin namesto agaroze uporablja poliakrilamid?
Poliakrilamid in agaroza sta dve podporni matrici, ki se običajno uporabljata pri elektroforezi. … Agaroza ima veliko velikost por in je primerna za ločevanje nukleinskih kislin in velikih proteinskih kompleksov. Poliakrilamid ima manjšo velikost por in je idealen zaločuje večino beljakovin in manjših nukleinskih kislin.
Zakaj se uporablja poliakrilamidni gel?
Elektroforeza v poliakrilamidnem gelu (PAGE) se rutinsko uporablja za analizo beljakovin in se lahko uporablja tudi za ločevanje fragmentov nukleinskih kislin, manjših od 100 bp. Nukleinske kisline se običajno analizirajo z uporabo neprekinjenega puferskega sistema, kjer je stalna sestava pufra, pH in velikost por v celotnem gelu.
